原代細胞分裂和分化的調控機制十分復雜，目前僅對其有初步的了解。干細胞啟動不對稱分裂的調控機制在于：由外來信號啟動特定因子的自分泌過程，包括細胞不對稱分裂存在的反應蛋白、控制基因表達的核內因子，干細胞與非干細胞子代細胞的染色體修飾，以及在瞬時擴增過程中控制細胞分裂周期時鐘的啟動因子等。
同時，原代細胞的分裂和分化還受諸多外在調控因素的影響。控制干細胞發展“命運”的外在因素統稱為干細胞微環境，即通常所說的生態位。對于不對稱分裂及群體不對稱分裂的干細胞，生態位同樣顯得極其重要。這其中涉及干細胞與干細胞之間、干細胞與非干細胞子代細胞之間以及其與周圍細胞之間復雜的近距及遠程信號作用機制。原代細胞主要包括多種細胞因子、細胞膜蛋白的信息介導以及整聯蛋白與細胞外基質之間的相互作用。